Proces unickich Męczenników z Pratulina z 1874 roku rozpoczął się w roku 1918. Rozpoczął go pierwszy ordynariusz wskrzeszonej Diecezji Siedleckiej bp Henryk Przeździecki. W 1938 roku powołał Diecezjalny Trybunał Kanoniczny i mianował w Rzymie postulatorem tej sprawy franciszkanina o. Wojciecha Topolińskiego.
Proces kompletowania materiałów przerwała nagła śmierć bpa Przeździeckiego w 1939 roku. Śmierć ordynariusza i wybuch II wojny światowej oraz rządy komunistyczne w powojennej Polsce uniemożliwiły kontynuację kanonicznego dochodzenia. Zostało ono podjęte dopiero w 1964 roku przez biskupa Ignacego Świrskiego. Rok później przesłano do Rzymu, do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, całą dokumentację. Kongregacja po przestudiowaniu tego materiału uznała go za niewystarczający. Zażądała bardziej dokładnego opracowania, które by pełniej ukazało historyczne tło męczeństwa Unitów w Pratulinie. Chodziło głównie o dotarcie do urzędowych dokumentów przechowywanych w archiwach polskich i zagranicznych, zwłaszcza carskich i dyplomatycznych i wykazanie, że męczeństwo w Pratulinie było faktem natury religijnej, a nie skutkiem działań politycznych czy konsekwencją walk o charakterze narodowym.
Dopiero po 1989 roku zaistniała możliwość dotarcia do interesujących dokumentów. Na prośbę biskupa Jana Mazura kilku historyków, znawców historii XIX w., przeprowadziło kwerendę w Watykanie — prof. H. Dylągowa, KUL, w Paryżu — prof. J. Skowronek, UW, w Archiwum w Krakowie — dr T. Krawczak, UW, ks. mgr B. Błoński WSD oraz w Moskwie, Petersburgu i Siedlcach — dr U. Głowacka-Maksymiuk, Archiwum Państwowe w Siedlcach. Zebrane dokumenty potwierdziły powszechne przekonanie wiernych na Podlasiu, że prześladowania Unitów i męczeństwo w Pratulinie dokonywały się z motywów religijnych.
Prof. H. Dylągowa przygotowała dokument, odpowiadający wymaganiom promotora wiary. W oparciu o to opracowanie, postulator procesu w Rzymie, ks. dr Marian Babula, michaelita, przygotował „Positio”, które w liczbie 40 egzemplarzy w wersji włoskiej, biskup Jan Mazur 23 czerwca 1995 r. przekazał Ojcu Świętemu i Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie. Dołączył jednocześnie list, podpisany 17 czerwca 1995 r. w Szczecinie przez uczestników konferencji plenarnej Episkopatu Polski, którzy prosili Papieża, by jeśli to możliwe, sprawa Męczenników z Pratulina mogła być rozpatrzona w trybie specjalnym i zakończona w roku jubileuszu 400-lecia zawarcia Unii Brzeskiej. Podobne prośby, z własnej inicjatywy, wysłali biskupi greckokatoliccy z Przemyśla (abp J. Martyniak) i ze Lwowa (kard. M. Lubacziwski). Także wyżsi przełożeni zakonów męskich skierowali do Ojca Świętego podobną prośbę. W Watykanie przyjęto je pozytywnie.
Sprawa Męczenników z Pratulina została rozpatrzona przez Komisję teologów 26 stycznia 1996 r. Dali oni pozytywne oceny, wskazując, że męczeństwo Wincentego Lewoniuka i XII Towarzyszy jest faktem dokonanym z motywów nienawiści władzy carskiej do wiary katolickiej wyznawanej przez Unitów i ich stałości w obronie jedności Kościoła przez nieugięte trwanie przy Ojcu Świętym.
Podobną ocenę wydała również Komisja Kardynałów, której przewodniczył kard. Achile Silve-strini, prefekt Kongregacji Kościołów Wschodnich. Jej posiedzenie odbyło się 16 kwietnia 1996 r. W dniu 24 czerwca 1996 r. odbyło się przed Papieżem czytanie przygotowanego przez Kongregację Spraw Kanonizacyjnych „Dekretu o męczeństwie Sług Bożych z Pratulina”. Papież Jan Paweł II ten Dekret zatwierdził. Dochodzenie beatyfikacyjne zostało w ten sposób oficjalnie zakończone.
Ojciec Święty wyznaczył termin beatyfikacji Sług Bożych Wincentego Lewoniuka i XII Towarzyszy na 6 października 1996 r. Był to dzień nawiązujący do daty ogłoszenia Unii Brzeskiej, która przed 400 laty dała początek Kościołowi unickiemu.
Ojciec Święty Jan Paweł II, w niedzielę 6 października 1996 r., w Rzymie, dokonał beatyfikacji Męczenników z Pratulina, Wincentego Lewoniuka i 12 Towarzyszy. Jednocześnie do chwały ołtarzy wyniósł polską niepokalankę, s. Marię Marcelinę Darowską, Irlandczyka Edmunda Ignacego Rice i franciszkankę z Hiszpanii, s. Marię Annę Mogas Fontcuberta.
Uroczystości beatyfikacyjne zgromadziły tysiące wiernych z Irlandii, Włoch, Hiszpanii, Ukrainy i wielu innych krajów świata. Z Polski przybyło około 5 tyś. pielgrzymów z różnych diecezji, w tym ponad 3 tyś. z Diecezji Siedleckiej. Uczestnikami uroczystości beatyfikacyjnych byli wszyscy alumni siedleckiego Wyższego Seminarium Duchownego, którzy dostąpili zaszczytu pełnienia asysty liturgicznej podczas Mszy św. beatyfikacyjnej.
Z Ojcem Świętym Eucharystię koncelebrowało kilkudziesięciu kardynałów, arcybiskupów, biskupów i kapłanów. Wśród nich byli m. in. Prymas Polski kard. Józef Glemp, metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski, sekretarz Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych abp Edward Nowak, łaciński metropolita lwowski, abp Marian Jaworski, ordynariusz siedlecki bp Jan Wiktor Nowak, unicki metropolita przemysko-warszawski, abp Jan Martyniak oraz biskup pomocniczy ordynariusza siedleckiego bp Henryk Tomasik i obaj biskupi seniorzy z Siedlec: bp Jan Mazur i bp Wacław Skomorucha.
Zaszczytu, koncelebrowania Mszy św. beatyfikacyjnej z Papieżem dostąpili także przedstawiciele duchowieństwa diecezjalnego, w osobach wicepostulatora procesu beatyfikacyjnego, ks. Franciszka Juchimiuka, ks. Andrzeja Filipiuka, proboszcza parafii Pratulin, ks. Juliana Jóźwika, dyrektora Wydziału Duszpasterskiego Kurii Siedleckiej i ks. Kazimierza Matwiejuka, prawnuka błogosławionego Konstantego Łukaszuka.
Prośbę o dokonanie beatyfikacji skierował do Papieża biskup Jan Wiktor Nowak. Ojciec Święty wypowiedział uroczystą formułę beatyfikacyjną. Mówił w niej, że po wysłuchaniu biskupów, z których diecezji pochodzili Słudzy Boży, jak również innych braci w episkopacie i Kongregacji ds. Kanonizacyjnych, mocą Apostolskiej Władzy teraz ogłasza dotychczasowe Sługi Boże Błogosławionymi Kościoła Chrystusowego. Papież wyznaczył jednocześnie daty liturgicznych wspomnień nowych Błogosławionych. Liturgiczne wspomnienie błogosławionego Wincentego Lewoniuka i 12 Towarzyszy zostało wyznaczone na dzień 23 stycznia.
Bezpośrednio po liturgicznej formule beatyfikacyjnej zostały odsłonięte wizerunki nowych Błogosławionych, umieszczone na frontonie Watykańskiej Bazyliki św. Piotra. Delegacje z Polski, Irlandii i Hiszpanii złożyły Ich relikwie przy ołtarzu papieskim.
Ojciec Święty w homilii mówił o doniosłości i aktualności przykładu Błogosławionych z Pratu-lina, tak w wymiarze osobistego przeżywania Chrystusa, jak również w trosce o jedność Jego Kościoła. Nawiązując do ewangelicznej przypowieści Chrystusa, z niedzielnej Liturgii słowa, o winnicy, którą zagrabili niesprawiedliwi rolnicy, bijąc i zabijając sługi prawowitego właściciela winnicy (por. Mt 21, 35) odniósł jej sens do Męczenników z Pratulina mówiąc: „Czyż ten sam los nie stał się udziałem Wincentego Lewoniuka i jego Towarzyszy, Męczenników z Podlasia? Jako wierni słudzy Pana, pełni ufności w moc Jego łaski, dali świadectwo swojej przynależności do Kościoła katolickiego w wierności własnej tradycji wschodniej. Uczynili to z pełną świadomością i nie zawahali się złożyć ofiary z życia na potwierdzenie swego oddania Chrystusowi. Nie szczędząc siebie, Męczennicy z Pratulina bronili nie tylko świątyni przed którą ponieśli śmierć, ale także Kościoła, który Chrystus zawierzył apostołowi Piotrowi; tego Kościoła, którego czuli się częścią jako żywe kamienie. Przelali swą krew zjednoczeni z Bożym Synem, wyrzuconym z winnicy i zabitym (por. Mt 21, 39) dla zbawienia i pojednania człowieka z Bogiem. Wyniesieni dzisiaj na ołtarze Wincenty Lewoniuk i jego 12 Towarzyszy, przez swój przykład i wstawiennictwo, zapraszają nas wszystkich, abyśmy mężnie kontynuowali wędrówkę ku pełnej jedności całej rodziny uczniów Chrystusa w duchu wskazań ekumenicznych Soboru Watykańskiego”.
Opracow. na podstawie: ks. dr hab. Kazimierz Matwiejuk
„Błogosławieni Męczennicy z Pratulina”, Siedlce 1995.